2008年10月国务院决定将食品药品监管机构由省级以下垂直管理改为由地方政府分级管理、业务接受上级主管部门和同级卫生部门的组织指导和监督。2009年2月28日十一届全国人大常委会第七次会议通过的《食品安全法》，在法律上确认了上述管理体制。
一、问题的提出
我国大多数地方政府部门，实行接受本级人民政府统一领导、上级主管部门业务指导的管理体制；有些政府部门实行主管部门负责业务方面的“事权”，而地方政府管理“人、财、物”，即地方政府和上级主管部门“双重领导”的体制。
改革开放之后，为处理中央政府或上级政府部门、单位在地方的事务，有些中央政府或上级政府部门、单位在地方设置了一些派出机构或分支机构。由于中央政府或上级政府部门、单位与其派出机构或分支机构是垂直领导关系，而地方政府对设立在本行政区域内的这些机构、单位没有管理关系，因此这类中央政府或上级政府部门、单位的派出机构或分支机构，叫做“垂直管理机构”，也称“条管机构”。
垂直管理机构主要有中央政府部门垂直管理和省（自治区、直辖市）政府部门垂直管理两种。中央政府部门垂直管理的机构由中央政府部门直接领导，尽管该机构设在地方并从事带有一定地方性的工作；省（自治区、直辖市）政府部门垂直管理的机构由省政府工作部门直接领导。
垂直管理机构的设置、人员编制、财务、物资供应等均由上级政府部门直接管理；有的垂直管理机构的党组织关系在地方，由地方党委领导。
中央政府部门乃至省级地方政府部门在一些专业性强、需要在纵向上统一执法的领域实行垂直管理，有利于增强中央或上级政府的宏观调控能力，消除地方保护主义，也有利于资源的统一配置、人员调动和资金配备，整合行政执法资源；对省以下保持垂直管理机构在人事与财务上的独立，使省级以下的机构摆脱下级地方政府的各种干预，也加强了部门执法监管的权威性、统一性。
但随着垂直管理机构的增多，也带来了一定的负面效应：一是在垂直管理体制下，地方政府对垂直管理机构的监督弱化；二是垂直管理机构增多、权限扩大，造成架空地方政府管理、地方政府组织功能残缺；三是垂直管理机构的人、财、物虽然不受制于地方，但有些工作的协调落实还需要地方政府去牵头，垂直管理机构本身仍难以完全摆脱地方干扰。另外，垂直管理机构增多也可能忽视当地发展实际，加剧“政出多门、部门打架”等现象。个别本属于地方政府的事务不适当地垂直管理，也使地方政府的权责脱节、地方事务的内在联系被人为分割。因此，垂直管理机构与地方政府的关系，亟待理顺。
以“三鹿奶粉”案为例。作为一种关系千家万户的食品，对婴幼儿奶粉安全的监管链条较长，不仅涉及各级政府的卫生行政、农牧业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理等业务部门，也是地方政府的重大职责，地方政府本身有统一负责、领导、组织、协调食品安全的责任。但涉及食品安全的生产、销售、消费等主要环节的质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理机构在省以下都是垂直管理的，不仅省以下本级地方政府的食品安全的总体责任没有体现，政府卫生行政等部门的组织指导、监督和沟通、协调作用也发挥得不够。尽管“三鹿奶粉”案中被问责的主要政府责任人，有质检总局、农业部、卫生部、工商行政管理总局和食品药品监管局等中央政府机构的领导，也有地方政府及有关部门的主要领导。
从“三鹿奶粉”案引起的食品药品监管体制的回归、改革和地方政府统一负责、领导、组织、协调食品安全责任的加强，可以看出，尽管食品药品监督管理机构实行省级以下垂直管理体制以来，在打破地方保护、建立统一市场、加强执法队伍建设、规范行政行为等方面起到了积极作用，但总体上与地方各级政府在食品药品安全监管方面负总责的要求是不相适应的。实际上，食品药品安全本来就是地方政府的重大职能和责任，与地方政府关系十分密切。正是这样，基于进一步强化和落实地方各级政府食品药品安全监督管理的责任，严格市场监管，确保食品药品安全，保障人民群众生命健康的考虑，国务院适时决定将食品药品监管机构由省级以下垂直管理改为由地方政府分级管理、业务接受上级主管部门和同级卫生部门的组织指导和监督。
根据2009年2月28日十一届全国人大常委会第七次会议通过的《食品安全法》，县级以上地方政府统一负责、领导、组织、协调本行政区域的食品安全监督管理工作；县级以上地方政府依法确定本级卫生行政、农业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门的食品安全监督管理职责；有关部门在各自职责范围内负责本行政区域的食品安全监督管理工作；上级政府所属部门在下级行政区域设置的机构应当在所在地政府的统一组织、协调下，依法做好食品安全监督管理工作。同时要求，县级以上卫生行政、农业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门应加强沟通、密切配合，按照各自职责分工，依法行使职权，承担责任。
二、依法规范垂直管理机构与地方政府关系
垂直管理体制一定程度上解决了中央或上级政府与地方政府的职能分配和事务管辖的问题，但“条块”矛盾也随着垂直管理机构的增加而增多，因此，十七大报告提出要“规范垂直管理部门和地方政府的关系”。
一般来说，凡事务的领导或管理、实施涉及全国或数省、自治区、直辖市者，应由中央政府机构及其派出机构负责；凡事务的管理或实施仅涉及某一行政区域的，则应归该行政区域内的地方政府负责。这一类事务的职权划分主要以事务占有的空间为依据，如根据《水法》第十二条，国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制：国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域管理机构，在所管辖的范围内行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源监管职责；县级以上地方政府水行政主管部门按照规定的权限，负责本行政区域内水资源的统一监管工作。
其次，对上级主管部门管辖更经济、更便利的事务，应由中央或上级主管部门管理；属于面向本行政区域的地方性事务，或对当事人更便利，由地方政府属地管理为主；属于中央或上级与地方政府共同管理的事务，要区别不同情况，明确各自的管理范围，分清主次责任，并建立健全协调配合关系。
另外，对应当由中央政府管辖的事务，从便利管理的原则出发，既可以设派出机构或分支机构管理，也可以依法授权地方政府的相应部门管理，如反垄断执法工作由国务院规定的反垄断执法机构（国家发改委、商务部、工商总局）负责，根据工作需要，国务院反垄断执法机构可授权省、自治区、直辖市政府相应的机构，依法负责有关反垄断执法工作。
垂直管理机构与地方政府的关系，本质上是政府间职责权限的关系。而依法规范垂直管理机构与地方政府的职权关系，关键要看管辖的事务的性质。是否进行垂直管理，最重要的是取决于事务本身是属于中央或上级政府的职责，抑或地方政府的职责，而非其他因素。
为了提高管理科学化、法治化的水平，要按照精简、统一、效能的原则，结合实际需要和具体情况，特别是按照合理配置行政职能的要求，从体制上重新理顺上下级政府之间的职责关系，并据此确定是设置分支机构或派出机构管理，还是由地方政府部门依法或依授权进行管理；其次，在目前中央和地方事务尚难分清的情况下，实行垂直管理要进行科学论证，逐步推进，要防止把不该垂直管理的机构简单地、不适当地垂直管理；对应当属于地方管理的事项，应整合管理职能，落实地方责任，完善体制机制，提高监管水平；第三，要在目前“三定规定”基础上，逐步过渡到通过法律、法规来规范各级政府及其部门之间的关系。